Vzdělávací program připravuje studenta k výkonu povolání farmaceutického asistenta dle zákona 96/2004 Sb. Zahrnuje teoretické vědomosti z anatomie, fyziologie, patologie, mikrobiologie a hygieny, psychologie a komunikace a obecně odborných oborů jako je veřejné zdravotnictví a výchova ke zdraví.
Odborné vzdělání farmaceutického asistenta tvoří vybrané poznatky z přírodních a aplikovaných věd – chemie a biochemie, farmakologie, analýzy léčiv, farmaceutické botaniky, chemie léčiv, laboratorní techniky, farmakognózie a lékárenství. Vzdělání zahrnuje i vzdělávání studentů v cizích jazycích (anglický, německý a ruský ), včetně základů latinského jazyka. Cílem vzdělávání studentů v cizím jazyce je připravit je pro užívání jazyka v typických řečových situacích při poskytování zdravotní péče pacientům/klientům neovládajícím český jazyk a k využívání cizího jazyka pro studijní účely. Vzdělávání v latinském jazyce je zaměřeno na osvojení základní medicínské terminologie nezbytné pro vzdělávání v oboru.
V rámci studia se rovněž rozvíjí počítačová gramotnost studentů. Vzdělávání v informačních a komunikačních technologiích (IKT) má především aplikační charakter a je zaměřeno na seznámení studentů se speciálními programy pro zdravotnictví, zejména lékárenství, na využívání IKT v praxi farmaceutického asistenta a jako zdroje informací.
Studium je ukončeno absolutoriem, které se skládá ze zkoušky z cizího jazyka, obhajoby absolventské práce a zkoušky z odborných předmětů, jež se povinně skládá z přípravy léčiv a farmakologie a povinně volitelně z farmakognózie nebo lékárenství. Výuka jednotlivých předmětů probíhá formou teoretických nebo praktických (laboratorních) konzultací. Teoreticko-praktickou výuku ve škole účelně doplňuje odborná praxe v lékárnách.